CFDNさんの新作テンプレに拙作のスクリプトを組み込んでいただいたのですが、いきなり動きましぇん！（表面上はわかりませんが404 Not Foundエラーになります）
どうやら外部スクリプトファイルは背景や画像パーツと扱い方が違い、テンプレをダウンロードしても、自ブログのあるホストにはコピーされないようです。コメント装飾スクリプトが http://blog1.fc2.com/load.js のように各サーバNOごとに置かれていたのはそのためだったのですね。
（追記：2005-09-25 現在は動作しています。外部スクリプトファイルも画像パーツと同じ扱いのようです。以下の方法はデフォルトで動かない場合、スクリプトを修正して使う場合に参考にしてください。）
このテンプレートでツリー化するためには、スクリプトファイルを自分のサーバにアップして、テンプレートHTMLのリンク部分を修正してください。
修正箇所はスクリプトとのリンク部分の記述を
<script type="text/javascript" src="http://blog1.fc2.com/c/cfdn/file/list-tree.js"></script>以下のように。
<script type="text/javascript" src="アップしたjsのURL"></script>以上の作業がなされていれば、コメント・トラックバックのプラグインHTMLにスクリプト呼び出し部分を追記することで、プラグイン機能と併用もできます。
例： プラグイン [ 最近のコメント ] のHTMLの編集
<ul><!--rcomment--><li &align><a href="<%rcomment_link>#comment<%rcomment_no>" title="<%rcomment_etitle>"><%rcomment_name>:(<%rcomment_month>/<%rcomment_day>)</a></li><!--/rcomment--></ul><script type="text/javascript">tree();</script>テンプレート内にスクリプトを記述してしまえば話は簡単なのですが、XHTMLでは非推奨ですし。悩ましいですねｗ
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早くもFC2側で修正されているっぽいですか？各ホストにスクリプトが導入された感じ（多分）。
sugさんがウチに残してくれたコメントを必要な部分だけチョイスして、新しい記事としてエントリしておきますね。
重要な内容なのでコメントより記事にしておいた方が、利用者も参照しやすいと思いますので。よってエントリ後、コメント部分は削除しておきます。-25日01時
直リンクが可になってるようです。そんなに早く修正されるとも思えないので、最初のエラーは勘違いだったのかも。お騒がわせしました。-25日18時